Madem karşı makineye bağlanabiliyorsunuz :

1- FTP programı ile bağlanmak istediğiniz bilgisayara .reg uzantılı dosyanızı gönderin
2- Göndermiş olduğunuz .reg dosyasını çalıştıracak .bat, .exe vb. bir program/script hazırlayın
3- 2. maddede gönderdiğiniz dosyayı Shell komutu ile çalıştırın.

Tüm bunlar için yetki işlerini halletmiş olmanız gerektiğini söylememe gerek yok zannederim.